Þemu Skóla á grænni grein taka á mörgum hliðum menntunar til sjálfbærni og tengjast grunnþáttum menntunar og Heimsmarkmiðum Sameinuðu þjóðanna. Þemun tengjast öll innbyrðis og er oft viðeigandi að vinna með fleiri en eitt þema.
Skrefin sjö eru vinnuferlið, en þemun eru efnistökin.
Skólinn (umhverfisnefndin) velur 1-2 þemu
Skólinn (umhverfisnefndin) metur stöðu umhverfismála út frá þemanu sem er valið og setur sér markmið sem tengjast þemanu með einhverjum hætti. Mikilvægt er að allir í skólanum séu meðvitaðir um hvaða þema sé unnið að og að allir fái tækifæri til þess að vinna verkefni í tengslum við þemað.